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小智一行人继续朝着红莲道馆前进，在路上小智碰到一个背着登山包的大叔的神奇宝贝对战，小智很快答应下来。
“去吧，铁甲犀牛”大叔率先派出了铁甲犀牛
“妙蛙草，就决定是你了”小智派出了妙蛙草。
“铁甲犀牛，使出猛撞攻击”
铁甲犀牛冲过来的时候好像发生地震一样，小刚抱在一棵树上颤抖道“小智，小心啊”小霞则紧紧抱着波克比和皮卡丘“皮卡”“jioke”
小智丝毫不慌不忙下达指令道“妙蛙草，用藤鞭跳跃起来，借力打力使出飞叶快刀”
妙蛙草用藤鞭避开了铁甲犀牛的攻击，随后在空中使用飞叶快刀，铁甲犀牛由于惯性还在继续向前冲，飞叶快刀命中，铁甲犀牛吃痛加速往前冲去，撞到了大树上，受伤很严重。
“铁甲犀牛，振作啊”大叔鼓励道。
“妙蛙草，藤鞭”妙蛙草用力的使用藤鞭，抽打在倒在地上的铁甲犀牛，铁甲犀牛失去战斗能力。
“妙蛙草，做的很棒哦”小智对妙蛙草夸赞道。
大叔对小智握手道“少年，这真是一场好比赛”
“哒奈”妙蛙草这时痛苦的呻吟着，小智这才发现妙蛙草的背上发出进化的光芒，小智明白妙蛙草的进化契机快到了，但是他改变了很多事情，也不敢冒险只能抱着妙蛙草朝神奇宝贝中心前进。
“小智，等等我们”“皮卡”小霞和小刚以及皮卡丘很快赶了上来。
小霞看见妙蛙草的背上发出光芒，也同时注意到一路上的花开了想起了前世碰到的不可思议花园对小智道“小智，妙蛙草是不是要进化了”
小智道“应该是，但我也不是很确定。”
神奇宝贝中心里面，乔伊小姐正用专业的仪器为妙蛙草做着全面检查，小智小霞和小刚坐在等候区，皮卡丘不安地在椅子上动着。
“皮卡丘，别担心，妙蛙草没事的”小智安慰道。
乔伊小姐从检查室出来，脸上挂着温和的微笑道“别担心，妙蛙草的身体很好”
小智道“乔伊小姐，妙蛙草的背上发出进化的光芒，是要进化的征兆嘛？”
乔伊小姐点头道“应该是的”
小智松了一口气道“那就好”
乔伊小姐走到窗前望着外面的景色道“传说有一个叫做不可思议花园的地方，每当月圆之夜各处就会有很多妙蛙种子聚集过来，统一会在一只特殊的妙蛙花的主持下进行进化的神秘仪式”
小刚闪过一丝惊讶道“不可思议花园啊，那在什么地方呢？”
乔伊小姐摇头道“我也不是很清楚”
小智和小霞看见窗外的风景，小霞对小智道“小智，说不定妙蛙草就可以带我们进入叫做不可思议花园的地方”
小智听后点点头。这时妙蛙草也恢复了活力“哒奈”
小智走过去对妙蛙草关心道“妙蛙草，你醒过来了啊，真的太好了”
“哒奈”
“皮卡”皮卡丘跑过去关心道。
夜色深沉，月光柔和的照耀大地，原本熟睡的妙蛙草突然惊醒，看了眼熟睡的小智几人，独自溜出神奇宝贝中心来到门外的草地上，往森林深处走去。原本浅睡的小霞叫醒小智几人，示意妙蛙草，小智一行人偷偷溜出了神奇宝贝中心。可是等他们来到门外发现妙蛙草不见踪影了。
小刚道“不如让走路草出来，草神奇宝贝更容易感应不思议花园的位置吧”
小霞一听立即拿出走路草“走路草，带领我们去不思议花园吧”
“那佐”走路草摆动头上的草带领一行人前往森林深处，小智他们在走路的途中，发现空气中有大量的流动花粉朝森林深处飘动。
小霞道“只要跟着这些流动花粉就可以了”
小智赞同道“对，跟着流动花粉肯定可以找到不可思议花园的”
于是一行人随着流动花粉，穿过藤蔓，终于到达了不可思议花园，这里被高达树木环绕的神秘空地，空气中弥漫着浓郁的花香。月光透过树冠洒落下来，为整个花园披上了一层银色的光辉。
“这里好美啊”小霞轻声说道。
小智他们看到花园中央己经聚集了数十只妙蛙种子和妙蛙草，他们围成了一个巨大的圆圈，安静地等待着什么。小智一眼看见自己的妙蛙草。
“皮卡”
“那佐”
“jiaoke”三只神奇宝贝站在自己训练家旁边，安静地看着。
突然，地面开始轻微震动，从花园深处传来厚重的脚步声，一只体型巨大的妙蛙花缓缓走来，背上的花朵大的惊人，散发着柔和的光芒。
“芭纳”巨大妙蛙花发出威严的声音，所有妙蛙种子和妙蛙草都恭敬地向它低头致意。
小智和小霞听懂了妙蛙花的语言，小刚若有所思道“那只妙蛙花就是乔伊小姐说的特殊妙蛙花了”
巨大妙蛙花走到树墩上，仰头望向满月，发出一声悠长的叫声“芭纳”随着妙蛙花的叫声，月光似乎变得更加明亮，发出点点光芒，洒落在每一只的妙蛙家族成员身上。
小智看见自己的妙蛙草身体开始发出微弱的白光，进化成了妙蛙花，妙蛙种子进化成了妙蛙草，就在这时小霞发出一声惊呼“走路草”小智和小刚看去发下小霞脚边的臭臭花受花粉的影响进化成了臭臭花。
小智道“看来走路草也是受了花粉的影响进化了”
小刚道“这可是稀有的景象，我得好好记一下”
就在这时，一声刺耳的大笑打破了神圣的范围“既然大家都在，那么这些神奇宝贝我们火箭队收下了”
“火箭队，又是你们”小智看到火箭队出现连忙挡在自己的妙蛙花前面。
小次郎按下手中按钮“去吧，捕捉网”
一张巨大的金属网从天而降，笼罩住了聚在一起的妙蛙花和妙蛙草们。
“皮卡丘，电光一闪”小智下令，皮卡丘一道闪光冲过去，但是似乎没什么用。
喵喵大笑道“这可是我特制的金属网，电击没什么用的”
“妙蛙花，阳光烈焰”
“臭臭花，阳光烈焰”
小智和小霞同时下令，妙蛙花和臭臭花同时使用阳光烈焰冲向了火箭队，巨大的爆炸声中，火箭队再次被炸飞。
“好讨厌的感觉啊”
花园再次恢复了平静，小智用波导之力救出了妙蛙花它们，巨大的妙蛙花走到小智面前道“疤呐”意思是感谢小智的救命之恩。
小智道“没关系的”随后对自己的妙蛙花夸奖道“妙蛙花，做的好”
小霞也是对臭臭花夸赞“臭臭花进化之后真厉害”
“哒呐”妙蛙花开心地叫道。
“臭臭”
“皮卡”
“jiaoke”
进化庆典结束之后，小智三人带着妙蛙花离开了不可思议花园继续朝下个目的地前进。
